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Du fait que le bassin du Beuvron se trouve en grande partie en Sologne, on peut trouver un certain nombre d’espèces patrimoniales remarquables, protégées ou non, qui sont inféodés aux différents milieux tels que :

 Les boisements alluviaux:

-    Orchis mâle (Orchis masculata) - protection régionale

-     Osmonde Royale (Osmunda regalis) – protection nationale

-     Pivoine officinale (Paeonia officinalis) - protection nationale

-    Nivéole d’été (Lecuojum aestivum) - protection nationale

-    Scille à 2 feuilles (Scillia bifolia) – protection régionale

Les prairies humides

-          Dactylorhiza sp - protection régionale pour certaines

-          Butome en Ombelle (Butomus umbellatus) - plante remarquable

-          Drosera à feuilles rondes (Drosera rotundifolia) - protection nationale

-          Piment royal (Myrica gale) - protection nationale

Les cours d'eau et zones humides

-          Sagittaire (Sagittaria sagittifolia) – plante remarquable

-          Hottonie des marais (Hottnia palustris) - protection régionale

-          Renoncule flottante (Ranunculus fluitans) – habitat d'intérêt européen

-          Hydromorsus ranae

D'autres espèces aquatiques plus communes sont également présentes comme les potamots, les callytriches et les renoncules.